Data Engineer H/F – Stage de fin d’études

Mission proposée

LE PROJET:
Le CLB est impliqué dans des projets d’intelligence artificielle depuis plusieurs années avec des partenariats académiques et industriels. Ces projets bénéficient de notre très importante base de données de plus de 300 000 patients dans un dossier patient développé en interne et qui a été progressivement informatisé depuis 1993.

La publication la plus récente est liée à un partenariat avec la start-up Owkin, spécialisée dans le deep learning en apprentissage fédéré (les données restent au CLB, c’est l’algorithme qui « voyage » et vient apprendre sur nos serveurs). Elle porte sur l’analyse de lames d’anatomopathologie et a permis de découvrir de nouveaux biomarqueurs du sarcome (type de cancer rare). Cette étude a été publiée dans la prestigieuse revue Nature Medicine. https://www.nature.com/articles/s41591-019-0583-3
Dans le cadre de son projet stratégie 2020 – 2025, le Centre Léon Bérard a besoin :
1. De continuer son action de structuration et mise en qualité des données comme préambule indispensable au développement d’applications d’intelligence artificielle.
2. De « rendre les données aux médecins ». C’est-à-dire donner un accès facile aux médecins aux données qu’ils saisissent tous les jours sans parfois pouvoir en récolter les fruits.

C’est dans ce cadre que nous recrutons un Data Engineer dédié à la mise en oeuvre de ce projet médico-scientifique. Nous cherchons une personne capable à la fois d’interagir avec les médecins et équipes de recherche, de travailler sur les bases de données rétrospectives et de faire les développements dans le dossier patient (DPI) nécessaires à la montée en qualité des données prospectives. Cette mise en oeuvre nécessite à la fois des compétences relationnelles, d’analyse, en gestion des bases de données et en développement informatique.

Il est clair que dans ce cadre le stage de fin d’études proposé est, si le stage est concluant, un stage de pré-recrutement pour un CDI.

ORGANISATION
Vous serez rattaché hiérarchiquement au responsable du développement intelligence artificielle et big data et serez sous la responsabilité fonctionnelle de la direction de l’information hospitalière qui vous accompagnera dans la prise en main des outils informatiques du Centre Léon Bérard.

LE STAGE
L’objectif de ce stage est de travailler sur le deuxième point du projet stratégique, à savoir : « Rendre les données aux médecins ». C’est-à-dire faire de ce gisement de données une vraie valeur ajoutée au service des médecins et des patients : création d’un outil de visualisation et d’analyse des données du dossier patient d’un centre de cancérologie.
Une première étape consistera à recueillir le besoin auprès des médecins via des entretiens. Parallèlement à ce travail vous serez formé au développement dans le dossier patient du Centre Léon Bérard et à l’utilisation de nos bases de données.
La seconde étape consistera en la transformation du besoin en un plan d’actions qui nécessitera notamment une étude du marché mais aussi des capacités de développement interne.
Charge ensuite à vous de mettre en place certains éléments de ce plan d’actions et notamment le développement de certains outils. Vous serez très libre sur la proposition d’outils à mettre en oeuvre. Des outils utilisant des méthodes de machine learning seront encouragés. L’utilisation de NLP pour structurer des données textuelles non structurées sera sûrement à envisager.